Hari ini, PAUD IT Nur Hidayah melaksanakan agenda pemeriksaan kesehatan rutin. Biasanya dilakukan setiap 6 bulan sekali. Pemeriksaan kesehatan ini dilakukan sebagai upaya deteksi dini apabila ada anak yang mengalami gangguan kesehatan. Sekolah bekerjasama dengan dokter umum melakukan pemeriksaan kesehatan meliputi berbagai aspek, seperti Berat Badan ( BB ), Tinggi Badan ( TB ), Lingkar Kepala (LK), pemeriksaan gigi, mulut, telinga dan kuku serta detak jantung.
Apabila nanti dalam pemeriksaan ditemukan ada indikasi gangguan kesehatan maka dokter merekomendasikan kepada orang tua untuk melakukan pemeriksaan lebih lanjut. Selain melakukan pemeriksaan kesehatan para ustadzah juga memberikan edukasi kepada anak-anak tentang pentingnya menjaga kesehatan diri, melalui hal-hal yang sederhana tetapi sangat bermakna seperti, mencuci tangan sebelum makan, menggosok gigi sesudah makan, dll.